FAQ: Perguntas frequentes sobre projetos de pesquisa em microbioma

Podem ser analisadas diversas amostras clínicas humanas, incluindo:

• Swabs (fezes, vaginal, oral e pele): Coletados com o Kit da BiomeHub específico para cada sítio anatômico.

• Saliva e placa dental.

• Fragmentos biológicos para análise de microbioma.

• Sangue ou soro.

• Microrganismos Isolados.

• DNA / RNA Extraído.

Para análise de outros tipos de amostras, consulte nossa equipe.

A BiomeHub oferece uma solução completa para projetos de pesquisa. Além do sequenciamento, contamos com equipe especializada e pipelines próprios para o processamento de bioinformática dos dados, e realização de análises estatísticas comparativas entre os grupos de estudo do projeto.

A BiomeHub possui mais de 10 anos de expertise em microbioma humano, atendendo projetos de pesquisa em diferentes áreas, incluindo saúde clínica, ambiente hospitalar, indústria farmacêutica, nutrição e cosméticos. Nossa atuação é focada exclusivamente em amostras humanas e de ambiente hospitalar, apoiando instituições de pesquisa, hospitais, empresas e indústrias no desenvolvimento de estudos e soluções baseadas em microbioma.

Para elaborar um orçamento, precisamos de algumas informações básicas sobre o projeto, como:

• Objetivo geral do estudo/pergunta científica;

• Quais análises de microbioma pretendidas;

• Tipo de matriz/amostra;

• Quantidade total de amostras;

• O que você espera receber ao final do estudo (dados brutos, análise de bioinformática, análise estatística)?

Caso o pesquisador ainda não tenha definido todos esses detalhes, nossa equipe pode auxiliar na escolha da abordagem mais adequada para atender aos objetivos do estudo.

O prazo e o custo de um projeto podem variar de acordo com diversos fatores, incluindo:

• Tipo de análise a ser realizada (16S, ITS, metagenômica por shotgun, transcritômica, entre outras);

• Número e tipo de amostras;

• Necessidade de etapas adicionais, como extração de DNA/RNA, ou análises estatísticas;

• Qualidade e condições de envio das amostras, e do compartilhamento dos metadados;

• Escopo dos entregáveis e nível de personalização das análises.

Após compreender os objetivos e requisitos do estudo, nossa equipe elabora uma proposta personalizada com o cronograma e os custos estimados para o projeto.

Não há uma quantidade mínima obrigatória de amostras para a realização do sequenciamento. A BiomeHub pode sequenciar apenas 01 amostra. No entanto, para a viabilidade de análises estatísticas comparativas entre grupos, recomendamos o envio de pelo menos 5 amostras para cada grupo ou variável de comparação.

É importante ressaltar que o número ideal de amostras depende do desenho experimental, dos objetivos do estudo e da variabilidade esperada dos dados.

Sim. Embora a BiomeHub disponha de  pipelines padronizados para as análises de bioinformática e estatística, o cliente pode solicitar análises customizadas. Essas demandas são avaliadas individualmente e podem ser contratadas como um serviço adicional.

A equipe técnica avalia se o tipo de amostra, a matriz, a metodologia desejada (e alguns parâmetros, como, por exemplo, quantidade de reads pretendidos por amostra), são compatíveis e possíveis de serem executados em nosso laboratório.

As condições de armazenamento e envio dependem do tipo de material a ser analisado:

• Amostras coletadas com kits de coleta da BiomeHub: os kits utilizam um tampão estabilizante que preserva o perfil microbiano da amostra recém-coletada por no mínimo 30 dias. Nesses casos, as amostras devem ser armazenadas e transportadas à temperatura ambiente.

• Amostras de DNA já extraídas: devem ser armazenadas e enviadas preferencialmente congeladas, em temperaturas entre -20°C e -80°C, para preservar a integridade do material genético até o processamento.

Caso seu projeto envolva outros tipos de amostras ou condições específicas de armazenamento, nossa equipe poderá fornecer orientações personalizadas.

Para garantir a qualidade e a confiabilidade dos resultados, algumas condições podem impedir o processamento das amostras.

 Os principais critérios de rejeição incluem:

• Identificação inadequada: ausência do código da amostra fornecido pela BiomeHub, ou informações que impossibilitem sua rastreabilidade.

• Condições inadequadas da amostra: amostras que não atendam aos critérios específicos estabelecidos para o tipo de material biológico enviado, incluindo quantidade inadequada de amostra.

• Integridade comprometida: amostras extravasadas ou com o recipiente danificado durante o armazenamento ou transporte.

• Problemas de estabilização: solução estabilizante fora da validade ou ausência da solução estabilizante quando sua utilização for necessária para o tipo de coleta.

Caso seja identificada alguma não conformidade no recebimento, nossa equipe entrará em contato para avaliar as alternativas disponíveis e orientar os próximos passos.

Como a BiomeHub segue padrões rigorosos de qualidade, rastreabilidade e segurança biológica, amostras fora das especificações serão classificadas como não conformes e serão rejeitadas, ou ficarão com status “Pendente”, sem início do processamento laboratorial.

Nesse último caso: o prazo de entrega dos resultados será pausado até a regularização da pendência.

Obs.: A depender do caso poderá ser necessária uma nova coleta; caso tenha sido utilizado kit da BiomeHub, novos kits deverão ser adquiridos para substituição da amostra rejeitada.

O acompanhamento é feito em tempo real por meio da Planilha de Acompanhamento (Google Sheets) do seu projeto, disponibilizada de forma online pela nossa equipe. Nessa planilha, é possível consultar o status de recebimento de cada amostra e acompanhar a evolução do projeto de forma centralizada. 

Além disso, os pesquisadores cadastrados como responsáveis pelo projeto recebem notificações por e-mail informando o status do recebimento das amostras.

As análises de bioinformática incluem o processamento dos dados brutos de sequenciamento, controle de qualidade, classificação taxonômica dos microrganismos, e geração de métricas de diversidade. Dependendo do tipo de projeto, também podem ser incluídas análises de diversidade alfa e beta, abundância diferencial, predição funcional de vias metabólicas e análises estatísticas comparativas entre grupos.

Os dados gerados no sequenciamento são processados por meio de pipelines validados.

Tanto para o sequenciamento de amplicons (16S/ITS), quanto para a metagenômica por shotgun, utilizamos ferramentas amplamente adotadas pela comunidade científica, com classificação taxonômica realizada a partir de bancos de dados públicos. 

A escolha dos pipelines e bancos de dados segue as melhores práticas da área e é continuamente revisada para garantir resultados robustos e alinhados ao estado da arte da pesquisa em microbioma.

Sim. Realizamos análises estatísticas para avaliar diferenças no microbioma entre grupos experimentais ou diferentes pontos temporais. As análises incluem visualizações descritivas (heatmaps e gráficos de barras), análises de diversidade alfa e beta, e análise de abundância diferencial por consenso entre abordagens complementares.

A entrega é 100% digital via link para download dos arquivos (com prazo de expiração). Os arquivos são disponibilizados em uma pasta compactada (.ZIP) conforme o nível de serviço contratado:

1. Apenas Sequenciamento: Dados brutos em formato .FASTQ.gz.

2. Apenas Bioinformática: Dados brutos, tabela com classificação taxonômica (total de reads) e tabela com índices de alfa-diversidade.

3. Bioinformática + Estatística: Todos os arquivos anteriores unificados em um Relatório HTML interativo, contendo gráficos e testes estatísticos comparativos de diversidade alfa, beta e abundância diferencial por consenso.

4. Bioinformática + Estatística + Predição Funcional: Todo o escopo do Relatório HTML interativo acrescido da análise de predição funcional de vias metabólicas.

O prazo de entrega varia de acordo com a metodologia utilizada e a complexidade das análises contratadas.

Os prazos médios são:

• Sequenciamento de Amplicons (16S rRNA e ITS): até 25 dias úteis.

• Sequenciamento por Shotgun (Metagenômica): até 30 dias úteis.

Os prazos são contabilizados após o recebimento de todas as amostras e das informações necessárias para a execução das análises. Em casos que envolvam análises customizadas ou escopos específicos, o cronograma poderá ser ajustado e será informado previamente ao cliente.

Sim. Disponibilizamos diversos materiais de apoio técnico e educativo, como:

• Guias práticos;

• Manuais de coleta;

• Artigos técnicos e conteúdos do blog;

• Documentos orientativos sobre metodologias, análises e interpretação de resultados.

Nosso objetivo é auxiliar o pesquisador em todas as etapas do projeto, desde as boas práticas de coleta e envio das amostras até a compreensão e interpretação dos resultados de bioinformática e estatística.

Projetos de pesquisa têm como objetivo principal avaliar padrões, associações e diferenças entre grupos de estudo, e não fornecer interpretações clínicas individualizadas das amostras. Por esse motivo, os resultados são apresentados de forma consolidada, com foco nas análises estatísticas e nos objetivos científicos do projeto.

Em vez de laudos individuais, a BiomeHub entrega um relatório integrado com os resultados do estudo, além de arquivos que permitem a análise detalhada de cada amostra, como a planilha de abundâncias taxonômicas e os dados brutos de sequenciamento (FASTQ).

Dessa forma, os pesquisadores têm acesso ao mapeamento taxonômico de cada amostra e total autonomia para realizar análises adicionais, integrar os dados a outros conjuntos de informações e conduzir investigações específicas de acordo com os objetivos da pesquisa.