ANÁLISE DE
MICROBIOMA
VAGINAL
O Microbioma Vaginal é um ecossistema dinâmico e complexo, formado pela comunidade de microrganismos que habitam a vagina, bem como seus genomas e o ambiente em seu entorno. Possui grande importância na manutenção da saúde feminina e na proteção contra doenças.
Na BiomeHub possuímos experiência em projetos de análise de microbioma vaginal.
Nossos processos são validados, desde a preparação de amostras até o sequenciamento e a entrega de dados, seguindo um rigoroso monitoramento da qualidade dos ensaios.
Pesquisas com microbioma vaginal podem incluir a investigação de:
Associações com o desenvolvimento de condições como, por exemplo, vaginose bacteriana, câncer cervical, endometriose, ISTs, infertilidade, aborto espontâneo e parto prematuro, entre outras.
Biomarcadores prognósticos.
Resposta a drogas.
Desenvolvimento de moléculas terapêuticas.
Estratégias de intervenção.
SERVIÇOS DISPONÍVEIS PARA PESQUISA DE MICROBIOMA VAGINAL
Aconselhamos sobre a melhor maneira de coletar, armazenar e enviar suas amostras.
Realizamos extração de DNA de amostras de microbioma vaginal, sob condições controladas e rastreáveis.
Preparação das amostras
Veja os tipos de amostras aceitas
Material fornecido pela BiomeHub:
- Kit de coleta simplificado para Microbioma Vaginal
Material coletado pelo cliente:
- Amostra em solução PreservCyt (Hologic), ThinPrep (Hologic) ou Cell Preserv (Kolplast);
- OMNIgene VAGINAL (DNA genotek);
- Amostras de DNA já extraído*.
*Amostras de DNA já extraído devem ser preferencialmente congeladas (-20ºC a -80ºC), com concentração maior que 1 ng/uL (Qubit), em no mínimo 20 uL, com razão A260/280 entre 1.8 e 2.0, e sem EDTA no tampão de eluição.
Oferecemos sequenciamento de amplicons do gene 16S rRNA para bactérias e da região ITS1 para fungos.
Sequenciamento
Amplicons da região ITS1 de fungos
O sequenciamento de amplicon da região ITS1 do espaçador ribossomal de fungos é um método bem estabelecido para investigar a presença de fungos na microbiota em qualquer local do corpo.
Pode ser utilizado em pesquisas clínicas e pré-clínicas para:
-
Caracterização de populações de fungos
-
Análise taxonômica
-
Identificação de espécies fúngicas
Parâmetros do sequenciamento: o sequenciamento da região ITS1 de fungos é realizado usando a plataforma Illumina, single-end, com 300 pb.
Análises de dados: possuímos um pipeline de bioinformática para ITS1, e os resultados liberados podem ser personalizados para atender às suas necessidades:
-
Dados brutos (fastq);
-
Tabela com total de reads por classificação taxonômica;
-
Tabela de perfil microbiológico lowest (LCA);
-
Tabela com valores de alfa-diversidade;
-
Tabela de contagem de oligotipos (ASV) e Tabela taxonômica;
-
Gráfico de perfil microbiológico;
-
Gráfico de beta-diversidade;
-
Sumário da análise.
Amplicons do gene 16S rRNA
O sequenciamento de amplicon 16S rRNA é uma das aplicações mais amplamente utilizadas para investigar a microbiota em qualquer local do corpo.
Pode ser utilizado em pesquisas clínicas e pré-clínicas para:
-
Caracterização de populações bacterianas
-
Análise taxonômica
-
Identificação de espécies bacterianas
Parâmentros do sequenciamento: o sequenciamento 16S (região V3-V4) é realizado usando a plataforma Illumina, single-end, com 300 pb.
Análises de dados: possuímos um pipeline de bioinformática para 16S, e os resultados liberados podem ser personalizados para atender às suas necessidades:
-
Dados brutos (fastq);
-
Tabela com total de reads por classificação taxonômica;
-
Tabela de perfil microbiológico lowest (LCA);
-
Tabela com valores de alfa-diversidade;
-
Tabela de contagem de oligotipos (ASV) e Tabela taxonômica;
-
Gráfico de perfil microbiológico;
-
Gráfico de beta-diversidade;
-
Sumário da análise.
Coleta de amostras
