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ANÁLISE DE
MICROBIOMA
INTESTINAL

Microbioma intestinal é a complexa comunidade de microrganismos que habitam nosso trato gastrointestinal, bem como seus genomas e o ambiente em seu entorno.

Na BiomeHub possuímos uma vasta experiência em projetos de análise de microbioma intestinal

Nossos processos são validados, desde a preparação de amostras até o sequenciamento e a entrega de dados, e seguindo um rigoroso monitoramento da qualidade dos ensaios.

Pesquisas com microbioma intestinal podem incluir a investigação de:

Associações com o desenvolvimento de doenças como, por exemplo, diabetes, obesidade, doenças gastrointestinais, doenças neurológicas, câncer.

Biomarcadores prognósticos.

Resposta a drogas.

Desenvolvimento de moléculas terapêuticas.

Estratégias de intervenção, como, por exemplo, transplante de microbiota fecal.

Avaliação de toxicidade de drogas.

SERVIÇOS DISPONÍVEIS PARA PESQUISA DE MICROBIOMA INTESTINAL

Aconselhamos sobre a melhor maneira de coletar, armazenar e enviar suas amostras. 

Realizamos extração de DNA de amostras de fezes humanas e animais, sob condições controladas e rastreáveis.

Preparação das amostras

Veja os tipos de amostras aceitas:

Material fornecido pela BiomeHub:

- Kit de coleta simplificado para Microbioma Intestinal.

 

Material coletado pelo cliente:

- Fezes congeladas;

- Fezes em DNA/RNA Shield;

- Fezes em OMNIgeneGUT (DNAgenotek); 

- Amostras de DNA já extraído*.

*Amostras de DNA já extraído devem ser preferencialmente congeladas (-20ºC a -80ºC), com concentração maior que 1 ng/uL (Qubit), em no mínimo 20 uL, com razão A260/280 entre 1.8 e 2.0, e sem EDTA no tampão de eluição.

Oferecemos sequenciamento de amplicons do gene 16S rRNA e metagenômica por shotgun.

Sequenciamento

Amplicons do gene 16S rRNA

 

O sequenciamento de amplicon 16S rRNA é uma das aplicações mais amplamente utilizadas para investigar a microbiota em qualquer local do corpo.

 

Pode ser utilizado em pesquisas clínicas e pré-clínicas para:

  • Caracterização de populações bacterianas 

  • Análise taxonômica 

  • Identificação de espécies bacterianas 

Parâmentros do sequenciamento: o sequenciamento 16S (região V3-V4) é realizado usando a plataforma Illumina, single-end, com 300 pb.

Análises de dados: possuímos um pipeline de bioinformática para 16S, e os resultados liberados podem ser personalizados para atender às suas necessidades:

  • Dados brutos (fastq); 

  • Tabela com total de reads por classificação taxonômica;

  • Tabela de perfil microbiológico lowest (LCA);

  • Tabela com valores de alfa-diversidade;  

  • Tabela de contagem de oligotipos (ASV) e Tabela taxonômica;

  • Gráfico de perfil microbiológico; 

  • Gráfico de beta-diversidade; 

  • Sumário da análise.

Metagenômica por shotgun

 

É o sequenciamento total, não direcionado ou shotgun, de todo o DNA presente em uma amostra, incluindo todos os genomas microbianos.

 

Pode ser utilizado em pesquisas clínicas e pré-clínicas para:

  • Caracterização da composição de populações bacterianas

  • Identificação do potencial funcional de comunidades microbianas

  • Recuperação de sequências genômicas completas

 

Parâmentros do sequenciamento: o sequenciamento de DNA total da amostra por shotgun é realizado usando a plataforma Illumina, paired-end, 150 pb.


Análises de dados: Possuímos um pipeline de bioinformática para metagenômica por shotgun, e os resultados liberados podem ser personalizados para atender às suas necessidades:

  • Dados brutos (fastq); 

  • Tabela com total de reads por classificação taxonômica;

  • Tabela de perfil microbiológico lowest (LCA);

  • Tabela com valores de alfa-diversidade;  

  • Gráfico de perfil microbiológico; 

  • Gráfico de beta-diversidade; 

  • Sumário da análise.

Coleta de amostras